Va néixer el 9 de febrer de 1940 a Ciutat del Cap i va passar la infantesa i la primera etapa formativa entre la seva ciutat natal i Worcester, de la província de Cap Occidental. Després d'estudiar en una escola catòlica, va estudiar anglès i matemàtiques a la Universitat de Ciutat del Cap, on es graduà el 1960 i 1961 respectivament.

Als inicis de la dècada del 1960 es va desplaçar a Londres (Anglaterra), on va treballar durant algun temps com a programador informàtic per a la companyia IBM. Posteriorment, realitzà un postgrau en literatura a la Universitat de Texas (EUA), i fou professor de llengua i literatura anglesa a la Universitat de Buffalo. El 1984 retornà al seu país, d'on fou professor de literatura anglesa a la Universitat de Ciutat del Cap, fins a la seva jubilació l'any 2002.

Actualment exerceix funcions d'investigador al Departament d'Anglès de la Universitat d'Adelaida (Austràlia). Coincidint amb la Setmana Literària d'Adelaida de l'any 2006 Coetzee va rebre la nacionalitat australiana, sense que això l'hagi allunyat de Sud-àfrica, el seu lloc de naixement i on transcorre gran part de la seva obra.

En les seves obres, marcades per un estil simbòlic i metafòric, qüestiona el règim de l'apartheid i qualsevol mena de racisme, i explora les seves negatives conseqüències en l'home i la seva societat, sent un dels màxims exponents del corrent postmodernista.

Va ser el primer escriptor guardonat en dues ocasions amb el Premi Booker, el més prestigiós de la literatura en llengua anglesa, l'any 1983 per Life & Times of Michael K i el 1999 per Disgrace.

L'any 2003 fou guardonat amb el Premi Nobel de Literatura per una obra que retrata d'innombrables maneres la sorprenent implicació del foraster, esdevenint el quart africà en obtenir aquest reconeixement.