El 1964, al col·legi de San Nicolau al Bronx, un carismàtic i brillant sacerdot, el pare Flynn (Philip Seymour Hoffman), intenta canviar les estrictes normes de l'escola, que durant anys han estat ferotgement guardades per la germana Aloysius Beauvier (Meryl Streep), una directora amb mà de ferro que creu en el poder de la disciplina.
Vents de canvi polític estan escombrant la comunitat, i de fet l'escola ha acceptat el seu primer alumne negre. Però quan la germana James (Amy Adams) li comenta a Aloysius les seves sospites que el pare Flynn li fa massa cas a Donald, la superiora comença una lluita personal per treure a la llum la veritat i expulsar Flynn de l'escola.